彩卵石的原生岩层，虽然生成于距今6-10亿年前的元古代晚期，但彩卵石的自身形成，则是近几百万年以来的事。经过几百万年冲刷、演变，巨石变为表面还不够光滑、外形起伏多变的较大彩卵石，进而又被改造为光滑圆润的成熟彩卵石，成为寻江水系特有的奇石资源。 　　在龙胜县三门镇大地村的彩卵石发源地，上游3-4公里长的“奇石谷”中，彩卵石个体有长数米而重逾20多吨者，之后则渐小，重不足吨。至三江河下游，彩卵石每块重不及百公斤，三门河过交州汇入寻江后，则彩卵石以每块15-30公斤者为常见。总之，越往寻江下游，彩卵石个体就越来越小。根据地质资料的推断，在距今8-10亿年前，龙胜县境内三门镇一带，为深海盆地中的海底火山强烈活动地带，由于有火山喷发物的沉积，形成了一条特殊的碧玉化石英岩、碧玉化含铁石英岩及碧玉岩等色彩丰富的富硅质硬岩石。这就是形成彩卵石类的主要原生岩石，是彩卵石类形成的物质基础。这样，龙胜县三门镇一带就成为品类繁多的彩卵石发源地。除此之外，寻江水系还分布有元古代晚期的各种变岩、板岩、石英岩、含铁石英质岩，如：变质砂岩、石英粉砂岩以及细碧岩等，也为其他卵石石种的形成奠定了基础。 　　由于寻江水系分布区地层时代古老，经历了亿万年的漫长地质演变，受到多次强烈的地壳构造变动，产生了一系列的大型断裂，致使本地变质岩中形成较多的由二氧化硅矿物质——石英强烈交代、充填而成的断裂硅化破碎带，这些硅化了石英质岩石和石英脉，就是蜡卵石类量多而品种丰富的根本原因。